Balıkesir Üniversitesinin temeli 1910 yılında kurulan Karesi Muallim Mektebine kadar uzanır. Bu okul dönemin Milli Eğitim Bakanı Mustafa Necati Bey’in özel ilgileri ile 1932 yılında bugün Necatibey Eğitim Fakültesi olarak faaliyet gösteren binaya taşınmış, Necatibey Öğretmen Okulu adını almıştır. Necatibey Öğretmen Okulu 1932 - 1982 yılları arasında Necatibey Eğitim Enstitüsü adıyla öğretmen yetiştirmeye devam etmiş; 1981 yılında üç yıllık statüsünden çıkarılarak, 4 yıllık “Yüksek Öğretmen Okulu” statüsüne alınmış; 1982 yılında da Uludağ Üniversitesine bağlanarak bu kuruma Necatibey Eğitim Fakültesi ismi verilmiştir. Aynı şekilde 1982 yılındaki 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Balıkesir’de yer alan diğer yükseköğretim kurumlarından; Balıkesir İşletmecilik ve Turizm Yüksekokulu, Balıkesir Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu ismiyle; Balıkesir Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi de, Balıkesir Mühendislik Fakültesi ismiyle Uludağ Üniversitesine bağlanmıştır. Uludağ Üniversitesine bağlanan diğer kurum olan Balıkesir Meslek Yüksekokulu ise faaliyetlerine aynı isimle devam etmiştir. Uludağ Üniversitesinin çatısı altında on yıl kalmış olan bu kurumlar, sağlıklı ve istikrarlı bir gelişme ile Balıkesir Üniversitesi için güçlü bir alt yapı oluşturmuştur. Balıkesir Üniversitesi, 11 Temmuz 1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan 3837 sayılı kanun gereğince kurulmuş olup; 1 Ocak 1993 tarihinde tüzel kişilik kazanmıştır. Balıkesir Üniversitesi, güçlü gelişimi ile bünyesinden yeni bir üniversite doğmasına da fırsat vermiştir. Balıkesir Üniversitesinin belirlenen akademik birimleri, 2015 yılında kurulan Bandırma Onyedi Eylül Üniversitesinin altyapısını oluşturmuştur. Balıkesir Üniversitesi’nde Tıp Fakültesi bulunmaktadır.