Üniversite daha önce Atatürk Üniversitesi bünyesindeki Ağrı Eğitim Fakültesi iken 5662 Sayılı "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun" gereği Ağrı Dağı Üniversitesi adıyla üniversite düzeyine çıkarılmış, 2007 yılında Ahmet Necdet Sezer tarafından onaylanan, 17 yeni üniversiteden biridir. Daha sonra Üniversitenin ve Kampüsün tüm yapılanması ve yapımını üstlenen iş adamı İbrahim Çeçen ile Milli Eğitim Bakanı Hüseyin Çelik arasında yapılan bir protokol ile Üniversitenin Ağrı Dağı Üniversitesi olan adı Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi olarak kabul edilmiştir. Kendisine bağlı meslek yüksek okulu ve diğer akademik yapı eklemeleri için imar çalışmaları ve iyileştirme çalışmaları devam etmektedir. Özellikle ile bağlı ilçelerde meslek yüksek okulları açılması yönünde karar alınmış ve uygulama başlatılmıştır. Tek olan kampüsün genişletilmesi ve yaygınlaştırılmasına yönelik çalışmalar hızla devam etmektedir.